Река Казыр протекает по территории Красноярского края и Иркутской области. Ее общая длина составляет 388 километров, а площадь бассейна равна 20.9 тысяч кв.км. Исток реки расположен в отрогах горного хребта Восточный Саян, на склонах горы Таскинь. Большую часть своего пути протекает в долинах между сопками. Максимальная ширина несколько сотен метров, однако, после слияния с рекой Кизир становится шире. При этом в нижней части русло реке разбивается на отдельные протоки. В районе Минусинской котловины соединяется с рекой Амыл, в результате чего образует новую реку – Туба. Последняя течет дальше по котловине и является правым притоком Енисея, куда она впадает через 119 километров пути.
Казыр относится к категории несудоходных рек. Большое количество порогов практически по всей длине является препятствием для прохождения даже мелкосидящих судов. Самый мощный из порогов, который называется «Убинский порог», имеет длину 1.5 километра. Большая часть питающих ее вод имеет дождевое и снеговое происхождение. В отдельные сезоны уровень реки может сильно падать. Скорость течения в средней части – меньше 1 м/с, в районе порогов возрастает до 1.5-1.7 м/с. Казыр обычно замерзает в период с конца октября – первой половины ноября до второй половины апреля – начала мая.
Населенных пунктов на берегах Казыра, как и в его бассейне нет, за исключением ряда небольших деревень.